В 1806 году Мельников по окончании 4-го возраста получил аттестат первой степени со шпагой и был оставлен при Академии пенсионером. Революционные события во Франции и наполеоновские воины надолго стали препятствием для командирования пенсионеров за границу. Пенсионеры были обязаны посещать классы Академии наравне с воспитанниками  и  выполнять задаваемые  им программы.

Пенсионерский период Мельникова делится на две части - петербургскую (с 1806 по 1808 гг.) и заграничную (с 1808 по 1811 гг.). О двух годах пенсионерства, проведенных Мельниковым в Петербурге, можно лишь судить, исходя из «Описания прожектам и прочим рисункам пенсионера Мельникова», поданного  им в  1811   году в совет Академии. Этот документ следует понимать как отчет о всем времени пенсионерства, а не только заграничной его части.

Описание содержит названия около 40 проектов и рисунков. Вероятно, некоторые из работ этого перечня, представляющие по тематике академические программы более ранних лет (например, памятник географу Лепехину - программа 1803 г.), были повторены или доработаны Мельниковым в Риме. О проекте дома на набережной Мойки, также отмеченном в описании, Мельников прямо пишет: «. .. выстроенный мною перед моим отъездом в Рим» 18. На проекте памятника Петру I, сохранившемся в копии, стоит дата - 1809 год, но его также, исходя из тематики и стилистических особенностей, следует отнести к петербургскому периоду пенсионерства, только повторенном в 1809 году в Италии.